Clo được dùng trong công đoạn xử lý nước của các nhà máy nước hoặc các bể bơi để diệt khuẩn. Với một mức độ cho phép theo tiêu chuẩn thì Clo không có vấn đề gì lớn ảnh hưởng đến sức khỏe. Tuy nhiên Clo ảnh hưởng đến mùi vị của nước. Clo còn phản ứng với các chất có trong nước để khử trùng. Nhưng nếu hàm lượng Clo vượt mức cho phép và sử dụng trong thời gian dài, có thể gây ra các vấn đề về sức khỏe liên quan đến gan, thận hoặc hệ thần kinh. Nó cũng làm gia tăng nguy cơ mắc bệnh ung thư.